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para de pagar. Isto está certo? Posso reclamar? Essevalor pago à Faculdade incorpora o salário.?

Abs.isso é um obséquio e quando quiser a empresa pode suspender.

com relação á segunda segmento da pergunta, não creio que os pagamentos incorporem o salário e até duvido que eles constem de seu contracheque (pois, se constarem, poderiam, até, caracterizar um empréstimo).
ventura.desfecho: se a empresa suspendeu os pagamentos acredito que o possa ter feito pelo descumprimento de qualquer dos critérios supra, ou, eventualmente, por estar passando por  um momento difícil e ter sido obrigada a reduzir seus custos.
Com toda certeza, a empresa possui regras e procedimentos sobre o ponto, definindo os critérios adotados para licença e manutenção do mercê, que, inclusive, pode até ter sido objeto de contrato sindical.de qualquer modo, vc tem todo recta de solicitar à empresa uma explicação e, até, tentar negociar uma solução que impeça o desleixo do curso.
Normalmente, a empresa condiciona o pagamento das mensalidades ao cumprimento de determinadas "metas", possivelmente vinculadas ao desempenho e à freqüência do aluno. isso sem falar na provável existência de "contratos de gaveta" que vinculam o funcionário a continuar na empresa, por um manifesto tempo (ex.: dois anos) depois terminar o curso, sob pena de ter que restituir o verba.para se informar melhor, e saber as duas possíveis "versões" da história, procure também seu sindicato.